胃镜下切除间质瘤不能保证可以切干净。
由于多数胃肠道间质瘤起源于固有肌层，生长方式多种多样，瘤体与周围肌层组织界限并不十分清晰，内镜下不易根治性切除，且操作并发症的发生率高(主要为出血、穿孔、瘤细胞种植等)，临床上缺乏内镜下切除胃肠道间质瘤的中长期安全性的对比研究，故不作为常规推荐。
治疗间质瘤还是推荐手术切除，手术要求切除边缘整齐，肿瘤阴性，也就是R0切除，术中应避免肿瘤破裂，注意保护肿瘤假性包膜的完整。
间质瘤具体怎么治疗，还需要医生根据实际情况来决定。
