胃间质瘤因术前诊断困难，而且胃间质瘤是一种交界性肿瘤，存在恶性风险，只要考虑是胃间质瘤的均应手术切除，无论大小。
对于考虑是胃间质瘤，同时不排除恶性的，不管肿瘤大小，均应手术切除，不主张在内镜下切除，因内镜下不易根治性切除，同时容易造成肿瘤破裂出血。手术切除时要注意切除边缘阴性，遵循“非接触、少挤压”的原则，同时避免肿瘤破裂。对于肿瘤位于胃大弯侧及胃底体前壁直径小于5cm的可以考虑腹腔镜下切除。
如果患者特别抵触手术治疗，对于直径小于等于2cm的，无症状拟诊胃间质瘤，如无不良因素，可以暂观察，一定要定期复查超声内镜，最少一年复查一次，如果肿瘤逐级增大或有恶变倾向，应手术切除。
