胃肠道间质瘤可以发生在消化道各个部位，胃是最常见的部位，其次是小肠，还可以发生在食管、大网膜、结直肠等部位。
胃肠道间质瘤发病率总体比较低，恶性程度差异比较大，主要取决于肿瘤的核分裂象、大小和部位，比较小的间质瘤大部分没有明显的症状，随着肿瘤的增大可以有其他症状。
胃部间质瘤，肿瘤比较大的，有可能合并有腹胀、消化不良，或者从腹壁触摸到肿块、出血。比较小的间质瘤在胃镜下可以表现有胃黏膜的隆起，大部分黏膜是比较光滑的，这种情况可以进行超声内镜检查，观察瘤体的大小。
胃肠道间质瘤，生长部位差异较大，需要结合胃肠镜以及腹部CT等检查进行判断。
