胃肠间质瘤复发时，要进行相关的检查，明确肿瘤复发部位与邻近组织器官的关系，若是肿瘤较小，与周围组织脏器关系清楚，可以直接再次手术切除；如果复发肿瘤巨大，侵犯邻近器官，可以考虑药物治疗，缩小肿瘤的大小，然后再进行手术。一般需要完善间质瘤的基因检测，明确突变类型，选择合适的靶向药物。
胃肠间质瘤虽然可以通过手术彻底切除，但是仍然可以复发转移，因此术后除了服药控制外，应该及时复查，密切观察肿瘤情况，规律患者自身的饮食情况，防止肿瘤复发。
