一般直径大于2cm的胃肠间质瘤需要切除。
胃肠间质瘤是一种起源于胃肠道间叶组织的具有潜在恶性生物学行为的肿瘤，直径小于2cm的肿瘤，多无明显临床症状体征，危险度系数低，无需特殊治疗，多建议定期行胃镜检查监测肿瘤生长情况。但是如果超声胃镜提示有不良生物学行为的，即使不到2cm，也建议积极手术切除。直径大于2cm的肿瘤，有恶变的风险，所以手术切除。
而对于直径大于10cm的胃肠间质肿瘤，或者手术困难，甚至不能完整切除的情况，应在术前给予新辅助靶向治疗，待肿瘤体积缩小后再进行肿瘤切除治疗。
