胃肠道间质瘤患者主要表现为消化道出血、中上腹部不适、腹痛、腹部肿块等非特异性症状。
症状与肿瘤的大小、部位、肿块、胃肠道关系、肿瘤的良恶性有关。一般肿瘤直径小于2cm者，可无症状，常在癌症普查、体检或做其他手术时无意中发现，有时出血可为本病的首发症状，消化道梗阻较少见，恶病质出现相对较晚，性质较轻，大多以体重下降为主。
大于4cm的胃肠道间质瘤患者，尤易表现为出血(70%)，其中70%-80%为急性出血，有的患者会出现以远处转移为首发症状，比如肝转移、腹腔的种植转移等。
