肠间质瘤是间叶组织源性肿瘤，可分为良性、交界性、恶性三种性质。
良性、交界性和恶性的病理学区别，并不取决于它们是由梭形细胞还是由上皮样细胞组成，主要依据肿瘤细胞核分裂象参数与肿瘤大小。
另外，它在病理下可见：肿瘤直径可大小不等，包膜完整，表面光滑或与周围组织粘连，血管丰富，切面平坦，灰白或灰红色，由于血管胶原化、出血、自溶等变化而呈颗粒状或小凹陷，可有出血、坏死、囊性变、溃疡等继发性改变，尤其在肿瘤较大时常见。
