胃肠道间质瘤的恶性度主要是根据肿瘤的大小、核分裂数，肿瘤是否有坏死，核异质性以及细胞密度等来判断。
胃肠道间质瘤主要是指起源于胃肠道间叶组织的恶性肿瘤，其中20%~30%左右属于高度恶性，容易出现肝转移以及腹膜转移。临床上如果间质瘤大于5厘米，胃间质瘤核分裂数大于5个，肿瘤坏死明显，核异质性大，细胞密度大，镜下可见固有层和血管浸润等，这些说明间质瘤的恶性度比较高。
间质瘤首选的治疗是手术，对于高度恶性的间质瘤，手术后需要在医生的指导下口服靶向药物，可以有效降低术后复发和转移的概率。
