十二指肠间质瘤患者的治疗方式并不能一概而论，需要视情况而定。
首先，十二指肠间质瘤的患者可以采取外科手术切除治疗，术中再根据肿瘤的大小、局部浸润及转移情况、核分裂象程度、包膜完整性及是否合并瘤内坏死，来判断肿瘤的恶性程度。
如果十二指肠间质瘤的性质为良性，或低度恶性且距离十二指肠乳头1cm以上，可行局部切除和肠道的部分切除，但应保证切缘阴性，避免肿瘤残留或破裂。
如果十二指肠间质瘤的性质为高度恶性或肿瘤靠近乳头，临床上通常需要采取根治性切除术，如果淋巴结明显受侵，还需要进行淋巴结清扫。
