胃肠道间质瘤的分级跟很多方面有关，需要进行各个方面的检查来确定疾病类型。主要可以分为良性、潜在恶性和恶性。若出现的是平滑肌胃肠道间质瘤，大多数是属于良性肿瘤；如果是平滑肌和神经共同分化有良性的可能性，也有恶性病变的几率；若检查发现是神经分化类型，可能是属于恶性肿瘤。
不仅可以通过分化情况来判断肿瘤类型，也可以根据肿瘤大小来判断。胃内肿瘤大于5.5厘米，小肠肿瘤大于4厘米，考虑有恶性病变可能，需要及时进行具体的检查，判断疾病类型。
