如果患者在初诊时，就发现胃肠间质瘤已经出现转移，需要根据具体的情况，由专业的医生制定手术或化疗等治疗方案。
由于胃肠间质瘤初期的症状不明显，缺乏特异性，所以一部分胃肠间质瘤患者会在初诊时发现已经出现转移。如果初诊时发现胃肠间质瘤转移的部位较少，转移灶也较少，且患者的耐受力较强，基础状况较好，心肺等重要脏器功能良好时，可以根据患者的情况进行手术治疗。切除术后往往还需要联合化疗，来巩固疗效，防止复发。
如果通过系统的检查后，发现是多个部位的转移，并且转移灶也相对较多，通常不适宜进行手术治疗，往往需要进行化疗等。
