直径小于2cm的局限性胃肠道间质瘤，一般情况下建议给予外科手术治疗。
严格意义上讲，胃肠道间质瘤是一种良性肿瘤，但是这种疾病有恶性肿瘤的倾向，可以同恶性肿瘤一样出现复发或转移。而发现直径小于2cm的胃肠道间质瘤后，一般情况下建议外科手术治疗，以达到治愈的可能性。如果这种疾病无相邻器官的侵犯或转移，一般给予外科手术治疗后，定期复查即可。
一旦术后报告有恶变，或是术前即出现有远处转移，亦或者是手术治疗后出现复发或转移。则应根据其具体情况再次选择手术或应用相应的靶向药物治疗，从而延缓病情的进展，延长患者的生存周期。
