克罗恩病做肠镜的目的就是检查肠道内黏膜的病变情况，如果发现有连续性病变，纵行溃疡以及鹅卵石样外观，基本上就可以确诊克罗恩病。
另外就是要检查病变的轻重程度，看看克罗恩病有没有出现瘢痕，有没有出现肠道狭窄，有没有引起穿孔等相关病变。
克罗恩病通过做肠镜检查是确诊病变最主要的方法，特别是通过结肠镜可以在局部取样，然后做病理学检查，通过病理组织学检查可以确诊疾病。
肠镜是主要的检查手段，因为其他的辅助检查不能直接的查看肠黏膜的病变情况，只能做出辅助参考。
