慢性肠胃炎的治疗周期不能一概而论，因为每个人病情严重程度不同，治疗时间也不同。
如果慢性胃炎的病人经常出现胃胀、打嗝、胃部疼痛等症状，应该应用质子泵抑制剂以及胃黏膜保护剂等药物治疗，疗程可能需要2个月左右的时间。如果合并幽门螺杆菌感染，抗生素类的药物一般需要用2~4周。
慢性肠炎的病人，有腹泻便秘交替以及腹痛、稀水样大便、黏液便等症状，应该用肠道消炎药、水杨酸制剂等药物治疗，也可以用益生菌，一般需要用药2~3周。
一些患有缺血性肠炎的病人或者病情特别严重的病人，通常需要长期治疗。
