单纯依靠胃镜检查不能查出慢性萎缩性胃炎。慢性萎缩性胃炎需要通过胃镜检查和病理学检查进行综合判断。
慢性萎缩性胃炎在胃镜下可以看到胃黏膜为红白相间，皱襞消失或变平，表面光滑，局部可以清楚的看到黏膜下血管的走形，甚至看到黏膜糜烂、粗糙等。慢性浅表性胃炎通过充气，把胃黏膜撑开后，也会看到黏膜变薄、变白的情况，有时候很难区分，需要进行病理学检查。
如果高度怀疑有萎缩性胃炎，可以在胃镜下取部分组织送病理学检查，病理学检查结果提示存在萎缩，就可以诊断为慢性萎缩性胃炎。
