胃肠道间质瘤5.5cm是恶性的。临床上胃肠道间质瘤分为良性、潜在恶性、恶性。潜在恶性指标有：
1、胃间质瘤直径大于5cm，肠间质瘤直径大于4cm。
2、胃间质核分裂象大于5个/50HPF（50个高倍视野），肠间质瘤核分裂象大于1个/50HPF。
3、病理检查肿瘤出现坏死。
4、病理检查肿瘤细胞有明显异型性。
5、病理检查肿瘤细胞生长活跃，排列密集。
当肿瘤具备一项恶性指标或两项及以上潜在恶性指标时，则为高度恶性。因此胃肠道间质瘤5.5cm是恶性的。
