放屁恶臭的原因主要有以下几个方面：
由于便秘而使肠道粪便滞留时间太长，产气增加，肠道内氨气和粪便没有及时排出，持续在肠道菌群作用下进一步发酵，产生氨气，一旦排出体外气味浓厚。要增加运动量，日常可多顺时针按摩腹部，也可使用容积性泻药治疗，如硫酸镁、乳果糖等。
过量的食入高蛋白和高脂肪食物，由于蛋白质分解后含氮物质的废物要比其他蔬菜类食物超过几十倍，进食越多，消化越慢，食物残渣在肠道内滞留的时间越长，产气越多症状越明显。要少吃高蛋白、高脂肪的食物，如油炸食品、肥肉、动物内脏、奶油制品等。
如：慢性肝病出现门脉高压综合征，导致食道胃底静脉曲张破裂引起的上消化道大出血，在肠道内滞留的血便，血液在肠道细菌作用下分解、发酵，产气而排出的粪便异常的恶臭。要针对原发疾病进行治疗，如上消化道大出血者应及时进行手术止血。
由于肠道菌群失调和肠道肿瘤，容易影响正常消化和吸收功能和排空，引起便秘，加上肠道炎症性病变或组织坏死等情况，使肠道内蛋白质分解产生氨气增加，导致放屁恶臭。肠道菌群失调可使用益生菌类药物治疗，如双歧杆菌、乳酸菌等，肠道肿瘤则应进行手术治疗，手术根据病情辅助放化疗治疗。
