慢性萎缩性胃炎主要是通过胃镜组织学进行检查的。
在胃镜检查下，慢性萎缩性胃炎可以表现为胃黏膜的炎症以及腺体萎缩固有层纤维化等，另外，有的时候胃黏膜还会出现肠化生。可以在胃镜下取活组织做病理学检查，看看胃黏膜的具体组织学形态。其他的检查还包括血清抗B细胞抗体检查、内因子抗体检查以及维生素B12水平测定等。通过这些检查，有助于诊断自身免疫性胃炎。
如果相关抗体增高，就提示是自身免疫因素导致的胃炎，导致胃黏膜的损伤。治疗可以根据结果对因对症处理，比如幽门螺杆菌感染的，需要根除幽门螺杆菌。
