通常情况下，巧克力囊肿不一定要手术治疗，是否手术主要取决于巧克力囊肿的大小、患者症状以及是否有生育要求等。若巧克力囊肿的直径小于等于5cm的，患者无明显临床症状，一般不需要进行手术治疗。但如果卵巢囊肿大于5cm时，可能会引起痛经、腹部疼痛等相关症状，严重的还可能会诱发不孕症。因此，就需要及时进行手术治疗。另外，如果巧克力囊肿已经对生育造成了影响或者是存在恶变的可能性的，也需要在医生指导下通过手术来治疗。
