巧克力囊肿和卵巢囊肿不同的是巧克力囊肿的囊液不透明，而是非常密集的光点。单纯性囊肿的囊液非常透明，是一个暗区。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，以痛经为特征，疼痛每个月都会出现，而且会越来越严重，一般药物治疗无法缓解。而单纯性囊肿可能没有症状，通常只有常规体检和b超才发现。
卵巢囊肿的彩色多普勒超声显示声音传输良好，穿刺液为透明液体，部分卵巢囊肿患者无需治疗。彩色多普勒超声检查巧克力囊肿混浊，穿刺液为巧克力色，发现后需手术治疗，术后易复发。巧克力囊肿可导致女性不孕，少数患者可癌变。如果囊肿破裂，囊液会流向腹腔，导致其他部位出现巧克力囊肿。
