巧克力囊肿治疗方法有药物治疗、手术治疗以及辅助治疗等。如果是年轻的女性,囊肿较小,暂时没有生育要求,可在医生指导下暂服激素类药物抑制囊肿增长。而且此类药物还可抑制子宫内膜间质细胞增生,减轻身体疼痛反应。如果患巧克力囊肿的女性已经生育或不再有生育要求,可在子宫内部放置含有激素的节育环,可以抑制巧克力囊肿进展,或者术后再次复发。对于巧克力囊肿直径大于4厘米的患者,或者伴随着不孕症的女性,可以通过手术将囊肿剔除。而手术的具体范围要根据患者的年龄以及是否有生育要求做选择。