凌晨三点醒来睡不着可能是生理因素导致的，也可能是睡眠呼吸暂停综合征、神经衰弱、甲亢导致的。具体分析如下：
如果患者精神负担过重、情绪过度焦虑；晚上睡觉前经常喝浓茶、咖啡等刺激性的饮品，或者是白天午觉睡的时间太长，导致昼夜节律发生紊乱，就会出现凌晨三点醒来睡不着的情况。
患有睡眠呼吸暂停综合征的患者，在睡觉时会出现打鼾的症状。症状严重的时候可能会引起呼吸暂停、睡的好好的被憋醒，也可表现为凌晨三点醒来睡不着的情况。
患有神经衰弱的患者一般都会合并有睡眠障碍，此类患者不仅会表现为凌晨三点醒来睡不着，还会出现入睡困难以及早醒的症状。长此以往，还会导致记忆力减退。
当患者甲状腺激素分泌过多，导致基础代谢率加快，神经兴奋性增加，并伴有食欲亢进、消瘦等表现时，就会出现凌晨三点醒来睡不着的情况。
