肠镜的整个检查过程一般在15-30分钟内，需要切除息肉或病理活检时，时间延长。至于真实感受，在不同的个体之间各不相同。
做肠镜检查在实际操作过程中包括进镜过程和退镜过程。进镜过程中只是对肠道情况做一个大概的观察，所以相对比较快，所需时间比较短。如果内镜医生的操作比较熟练，患者的配合度比较好，在1-2分钟内内镜就可以进入到回盲部，再根据具体病情需要，适当的向前推进。如果内镜医生的操作不是很熟练，或者患者过于紧张，配合度不好，则会影响肠镜推进过程，导致进镜过程所需要的时间延长。
内镜进入到理想的位置后，需要对肠管壁的形态、结构、颜色等进行仔细观察，之后再缓慢退镜，在退镜的过程中对肠管各段逐一进行仔细观察，所以退镜的过程相对缓慢，所需时间比较久。
常见检查的时间则包括了进镜的时间和退镜的时间，总体来说一般在15-30分钟内完成。如果在检查过程中发现有可以在内镜下直接切除的息肉病灶，需要同时实施息肉切除手术时，或者需要取可疑组织做病理活检，手术时间会相应延长，具体时间不确定。
