经常半夜肚子疼、拉肚子，多考虑与急性肠胃炎、食物中毒或慢性肠炎，肠功能紊乱等有关。
不注意饮食卫生，吃了被污染的食物后，感染大肠杆菌，志贺菌或者霍乱弧菌、柯萨奇病毒、轮状病毒等引起的胃肠道黏膜急性炎症性病变。患者会出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐等症状。平时要注意养成良好的饮食习惯，避免吃生冷的食物和不干净的食物。
吃了有毒的食物，比如霉烂变质的肉类食物、没有煮熟的豆角、浸泡时间过久的菌类食物等，都可能导致食物中毒，出现半夜肚子疼、拉肚子的症状。
慢性肠炎由于肠黏膜长期处于炎症性病变的状态，当饮食不当，吃了刺激性强的食物，或者是过于油腻的食物后，刺激肠黏膜，出现腹痛、腹泻等症状，多见于溃疡性结肠炎、克罗恩病等。
由于滥用抗生素或者反复发生的肠道感染，长期熬夜、劳累等因素导致肠道功能紊乱，患者饮食不当或者是腹部着凉受寒后就会出现半夜腹痛和拉肚子的症状。
