不同的甲状腺炎病因是不一样的，急性甲状腺炎多因细菌感染经血行或邻近组织感染蔓延至甲状腺，因此属于感染性疾病，治疗上需要抗感染治疗，甚至对于局部感染灶需要进行手术治疗。
亚急性甲状腺炎发病的原因并不是特别明确，可能和多种病毒感染有关；也与自身免疫和遗传因素相关，亚急性甲状腺炎为自限性疾病，发病过程中予解热镇痛等对症处理，病情较重者，可给予糖皮质激素治疗。
慢性甲状腺炎一般指自身免疫性甲状腺炎，与自身免疫机制相关，最常见的是慢性淋巴细胞性甲状腺炎，即桥本甲状腺炎，在甲状腺功能正常的情况下，一般不予特殊治疗，定期观察甲功变化；合并甲状腺功能减退时，则需要长期补充甲状腺素替代治疗。
