减重手术能治疗代谢综合征主要是因为它能控制体重和改善胰岛素抵抗状态。代谢综合征的两大中心环节就是肥胖和胰岛素抵抗，它们是造成代谢综合征一系列相关疾病的病理基础。
减重手术一方面能很好地控制体重，如袖状胃切除手术缩小了胃的容积，减少了食物的摄入，胃转流手术改变了胃肠道的走行，限制了食物的吸收。
另一方面，它也能很好的缓解胰岛素抵抗，这主要跟体内一些激素的改变相关，如比较经典的前肠后肠学说认为，胃肠道改道后，食物不经过近端小肠，直接接触远端小肠，从而引起一些激素的改变，最终改善胰岛素抵抗。当然，减重代谢手术治疗代谢综合征的机理比较复杂，目前仍是研究的热点。
