CT与核磁共振在临床上二者各有优劣，并不是说谁比谁好。
- 比如核磁在神经系统，软组织方面的检查要比CT清晰，但CT在骨质结构检查方面比核磁更好，而且价格相对来说比较便宜。
- 如果是椎间盘导致的颈椎病，一般不采用CT检查，因为CT在成像上没有核磁清楚，核磁扫描切面的选择方式可以是任意的。
- 但是CT也有优点，如果体内有金属，如支架、心脏起搏器等，因为核磁里磁场的关系，是不可以做的，只能选择CT检查，寰枢椎的问题也可选择CT，CT对骨头钙化上的成像要比核磁要有优势，并且可以做三维成像，对骨结构的改变更加明了。
