肝脓肿有细菌性肝脓肿和阿米巴性肝脓肿，从患者是否有发热和B超检查的结果鉴别，并且需要与原发性肝癌进行鉴别。阿米巴肝脓肿发病过程缓慢，进行粪便检查可以发现有阿米巴滋养体，B超可见脓肿直径较大，抗阿米巴药物有好转。细菌性肝脓肿一般起病比较急，可以看到脓肿呈多发性。原发性肝癌除了有肝区疼痛还有消瘦等全身症状，血化验AFP也会显著增高等。另外，还需要与膈下脓肿进行鉴别，膈下脓肿是一般继发于化脓性腹膜炎，或者有腹部手术史的情况，可以通过实验室检查和超声检查来判断。
