肝硬化患者的甲胎蛋白可能出现升高，因此需要注意密切监测。肝硬化患者的甲胎蛋白一般升高的幅度不会超过400ug/L，也不会持续性升高。不过由于肝硬化是原发性肝癌的高危因素，如果出现甲胎蛋白明显的升高，还应当注意检查肝脏影像学如腹部超声、增强CT或CT，有助于早期发现原发性肝癌。
原发性肝癌越早治疗，预后越好，患者的生存期也可以得到明显的延长。病毒性肝炎、肝硬化等肝功能会出现异常，但是其甲胎蛋白水平升高程度多和肝功能损伤程度相关，肝功能恢复后多可以恢复正常并且其升高水平一般比肝癌的甲胎蛋白低。
