萎缩性胃炎的临床症状并不典型。萎缩性胃炎的临床类型主要分为跟免疫相关的全胃的萎缩性胃炎，和以胃窦部病变，也就是局部病变为主的萎缩性胃炎，二者的症状并不相同。
以全胃萎缩为主的萎缩性胃炎，转归、预后主要是恶性贫血，所以它的临床表现可以伴随贫血的表现，如乏力、面色苍白等表现。而以胃窦部局部萎缩为主的萎缩性胃炎的临床症状，主要是非特异性的消化不良的症状，比如上腹部胀满、疼痛、消化不良、局部烧灼感，也可以伴有乏力、面色无华。它的绝大部分临床症状没有特异性，甚至是无症状，所以萎缩性胃炎并不是以症状的有无、严重程度来判断疾病的严重程度。
