扁桃体乳头状瘤虽属良性肿瘤，但临床上通常建议手术切除，并非所有情况都"必须"，但放任不管的风险远大于手术本身。
该肿瘤由HPV病毒感染或慢性炎症刺激引起，本身不会自行消退，且存在持续增大、多发及恶变的可能。极少数病例可经数年演变发展为扁桃体鳞状细胞癌，而药物对已形成的瘤体无效，无法通过口服或外用药消除。因此，一旦确诊，手术切除是目前最主要且有效的治疗方式，术后标本需送病理以最终确认良恶性及切除是否彻底。
对于体积较小、无明显症状且病情稳定者，医生可能建议暂不手术，定期复查喉镜观察变化，每三至六个月一次。但若肿瘤已引起咽部异物感、吞咽不适、反复出血或明显增大，则应尽早干预。手术方式包括低温等离子消融、激光切除或扁桃体切除术，创伤较小，术后复发概率低。合并HPV感染者建议配偶同步检查，术后需戒烟限酒、定期复查以监测复发。
