得了肛瘘可出现疼痛、瘙痒、包块、流脓等症状，部分患者可出现全身症状。
如果肛瘘瘘管局部引流不通畅，形成脓肿，病变部位张力升高，可刺激患者出现胀痛症状，脓液流出以后，症状可减轻。
由于肛瘘外口区域会有脓性分泌物持续流出，刺激周围皮肤出现瘙痒、湿疹等变化。
包块主要见于病史较长的患者，可在肛缘触及条索状硬块，按压之后，可有疼痛表现。
由于肛瘘的病变基础在于肛瘘瘘管形成，瘘管外口多位于肛旁组织区域，而肛瘘内口多位于肛管、直肠区域，患者可能出现肛瘘外口流脓的症状。
部分患者病情严重，可能出现高热、寒战等全身症状。
