肛瘘和肛周脓肿区别在于病变基础不同、临床症状及治疗原则不同，但二者也存在一定关联性。
1.病变基础不同：肛瘘病变基础在于肛瘘瘘管形成。肛管、肠管与肛旁组织之间形成异常通道，粪便及肠道气体可通过瘘管排出体外。肛周脓肿病变基础在于脓肿形成，多由肛腺感染导致。
2.临床症状不同：肛瘘患者在肛旁组织区域多可发现肛瘘外口，局部可出现红肿、疼痛症状，排便过程中，可能出现排气、排便症状。肛周脓肿在病变部位可发现炎性肿块或脓肿，病灶区域疼痛明显，出现皮温升高症状，多伴随发热、寒战等感染症状。
3.治疗原则：肛瘘病变难以自愈，多需要手术切开引流或切除肛瘘瘘管。肛周脓肿早期可采取保守治疗，中后期也需要手术，破坏脓腔清除脓液。
但二者又存在一定联系，肛周脓肿不积极治疗，很可能演变为肛瘘。如果肛瘘内口、外口封闭，就会出现局部脓肿。这两种病变对患者影响较大，需要及早就医治疗。
