复杂性肛瘘主要是瘘管相对较多，所以触摸会有多条偏硬的管道。甚至也可能存在多个外口，进而导致肛门分泌物明显增加，甚至有恶臭味。患者通常还会伴有肛门局部的红、肿、热、痛，严重还会出现体温升高。此外，因为长期脓液的刺激，还会出现肛周的皮炎或者湿疹，从而引起肛门的瘙痒。肛瘘长期不愈还会引起排便困难、肛门狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等情况。对于复杂性肛瘘多采取挂线疗法或者是二次手术的方法进行治疗，一次性根治可能会导致肛门括约肌损伤过度或者是损伤肛管直肠环，导致后期出现肛门失禁。
