肛瘘的主要治疗手段为手术治疗，而对于不适宜手术治疗的患者，可采用保守治疗缓解症状。
一、手术治疗
1、瘘管切开术：将瘘管切开以去除坏死组织，适用于低位肛瘘，且术后不会出现严重的肛门失禁；
2、挂线疗法：是治疗肛瘘的传统治疗方法，利用橡皮筋穿过肛瘘的内外口，抗橡皮筋的回缩力阻断结扎侧血液循环，然后缓慢切开，这样会使另一侧和瘘管闭合。适用于距肛门3-5cm，有内外口的低位或高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助治疗，手术同时还能够引流瘘管，排出瘘管内的渗液，手术操作简单、出血少；
3、肛瘘切除术：手术将瘘管壁全部切除，适用于低位单纯性肛瘘或高位肛瘘结构中瘘管成熟的较低部分。
二、保守治疗
另外，若部分患者无法进行手术治疗，或通过手术难以达到预期效果，可采用瘘管挂线引流，带瘘生活是一种较为安全的手段，引流时需注意按时换药，并遵医嘱进行抗感染治疗。
日常生活中，患者要保持健康饮食，并调理排便，防止出现便秘或腹泻，以减少对肛瘘内口的刺激。
