甲状腺功能亢进症的危害，涉及全身多个系统，影响最明显的是心血管系统，因为甲状腺激素可以直接作用于心肌细胞，所以，心血管系统对过量甲状腺激素的反应较强，一些长期甲亢控制不满意或治疗不正规的患者，特别是老年甲状腺功能亢进的患者，会出现心脏扩大、心律失常等表现，严重者会出现心力衰竭而导致死亡。
除此之外，甲状腺功能亢进症对消化系统也会产生危害，会导致肝脏功能受损、肝细胞坏死变性、转氨酶升高、肝肿大、胆汁淤积性黄疸、胃肠功能紊乱等。
同时，也对造血系统的造成危害，会导致白细胞减少。
另外，当甲状腺功能亢进症危害到精神、神经系统时，可导致焦虑、易激动、烦躁、失眠，甚至会引起精神分裂症、抑郁症等。严重情况下可出现甲亢危象，病死率在20%以上，必须进行紧急救治。
