儿童生殖细胞肿瘤有5种不同的成分，经过不同的组合形成了多种的亚型。这些不同的亚型治疗方式和预后有着很大的差异。
纯的生殖细胞瘤大概占一半，主要治疗方式是放疗和化疗，手术的目的多数只是活检明确病理，或者解决因为肿瘤引起的脑积水。生殖细胞瘤对于放化疗非常敏感，虽然是恶性，但是通过放化疗，总体治愈率可达90%。而畸胎瘤则对于放化疗都不敏感，只能通过手术切除，而手术全切除，也可以治愈肿瘤，从而获得良好预后。
而混合型的生殖细胞肿瘤，包括生殖细胞瘤、畸胎瘤、卵黄囊瘤和胚胎癌，需要先进行手术切除，再进行放化疗，而一旦有绒癌的成分，则需要先化疗，再手术，再放疗。总体来讲，一旦合并卵黄囊瘤、胚胎癌和绒癌成分，预后就明显差了。
