胃肠道的肿瘤标志物比较多，主要包括癌胚抗原CEA与糖类抗原CA两类。
癌胚抗原CEA存在于所有来源于内胚层的组织器官的恶性肿瘤，对于胃肠道的肿瘤来说，该数值升高主要见于胃癌和大肠癌，其具体数值可以适当反映病情。晚期的、已经发生远处转移的肿瘤以及腺癌，CEA数值相对比较高，病情相对比较严重。
糖类抗原主要包括CA125与CA199、CA99（CA125与CA199类似），是位于肿瘤细胞膜上的一种糖脂分子，其数值升高对于诊断胃癌与结肠癌、直肠癌的价值相对比较大一些。
