三叉神经痛的病因目前还不明确，临床上较为公认的有血管压迫学说、肿瘤压迫学说以及多发性硬化导致的三叉神经痛。
血管压迫学说指的是颅内的血管发生病变时对三叉神经造成了压迫，从而导致三叉神经痛；肿瘤学说是指颅内三叉神经发出区域有肿瘤的生长对三叉神经造成了一定的压迫，从而诱发了三叉神经痛；多发性硬化、某些炎症、外伤等因素对三叉神经造成了损伤，也会造成三叉神经痛。
特发性的三叉神经痛病例数比较少，在临床上并不常见，发病原因尚不明确。
