胃肠道间质瘤有良恶性之分，判断其良恶性程度指标，主要根据肿瘤大小、部位、核分裂象等方面综合性判断。胃肠道间质瘤可分为极低危、低危、中危和高危四个等级。对于低危和极低危的人群，通常病情不会太严重，通过手术治疗大多可起到治愈效果，而且复发几率较小，生物学行为可认为是良性肿瘤；对于中、高危的间质瘤，即使做完手术切除之后，也可能会出现复发或转移，生物学行为可认为是恶性肿瘤。对于有远处转移的胃肠道间质瘤，通常会比胃的胃肠道间质瘤恶性程度较高，随着肿物直径逐渐增大，核分裂增多，肿瘤恶性程度也会随之增高。
