巧克力囊肿又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种。正常的子宫内膜是长在子宫腔内的，每月脱落一次形成月经。如果脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流到卵巢内或盆腔其他部位，就形成异位囊肿。异位的子宫内膜也会受激素的影响，继续随月经周期脱落出血，使卵巢增大并且里面形成一个囊肿。这个囊肿是褐色的，黏稠像巧克力一样，因此又称为巧克力囊肿。囊肿逐渐长大，最后可能发生破裂，大部分都是良性的，但有发生恶变的可能性。
