妇科巧克力囊肿是造成育龄期女性低生育率的一种常见慢性疾病，其发病机制尚不完全明确。
妇科巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，主要是指具有生长功能的子宫内膜组织出现在卵巢，是一种雌激素依赖性的疾病。随着病情逐渐的发展，可能会降低卵巢的卵泡数量以及质量。还有可能会对盆腔内的微环境造成影响，甚至会造成输卵管粘连，从而影响输卵管的拾卵功能和运送功能，造成女性受孕困难。
巧克力囊肿者可出现痛经、非周期性盆腔疼痛、性交痛、不孕等临床症状。当发生巧克力囊肿时，需要根据患者的年龄、病情以及是否有生育要求等多方面制定合理的治疗方针。
