子宫内膜异位症中的卵巢巧克力囊肿会恶变，但几率较小，一般在百分之一左右。
子宫内膜异位后仍在卵巢内生长，导致经血无法完全排出，长期积累形成的咖啡色囊肿，即巧克力囊肿。大多数的巧克力囊肿属于良性，如果巧克力囊肿持续增大，并且超过五年，是有恶变的可能，但几率较小，一般在百分之一左右。
一旦发生恶变，巧克力囊肿的直径会变大，可通过影像检查看出囊肿内含有实质性物质，可能会导致严重痛经、月经紊乱等症状，严重时还会引发急腹症、腹水等症状。需及时手术治疗，切除病灶。
