卵巢巧克力囊肿可通过药物治疗、手术治疗或介入治疗来缓解症状。
对于症状较轻、暂无生育要求的年轻女性而言，可以在医生的指导下口服去氧孕烯炔雌醇片、炔雌醇环丙孕酮片等药物来抑制排卵，并直接作用于子宫内膜和异位内膜来缓解疼痛。其次，还可根据自身情况选择地诺孕素、醋酸甲羟孕酮片、醋酸甲地孕酮片等药物，直接作用于异位内膜，引起内膜萎缩，来抑制子宫内膜的生长。
对于药物治疗无效、囊肿大于4cm，或怀疑恶变者，可采取手术治疗。年轻患者若想保留生育功能，可行腹腔镜下囊肿剥除术、卵巢部分切除术等。部分近绝经患者，可以行腹腔镜单侧卵巢切除术。此外，对于怀疑恶变的患者而言，还需要扩大手术范围。
即采取超声介入穿刺抽吸的方法治疗巧克力囊肿，但缺点是不能取得标本做病理检查
