通常情况下，巧克力囊肿是否好治，与患者的患病程度及身体素质有关。
- 若巧克力囊肿患者病情较轻，囊肿发现较早且治疗及时，或患者身体素质较好，在早期诊断与早期治疗的情况下，患者一般可得到治愈。所以这种情况下，巧克力囊肿是好治的。
- 若巧克力囊肿患者的病情较为严重，接受治疗较晚，其盆腔疼痛、月经异常以及不孕的症状较为明显，严重影响患者的身心健康及正常生育，这种情况下巧克力囊肿是不好治的。
患者可遵医嘱应用非甾体抗炎药以及激素类药物延缓病情的发展，如双氯芬酸钠肠溶片、醋酸甲羟孕酮片等药物。药物治疗不理想的患者，也可在医生建议下进行手术治疗。
