卵巢巧克力囊肿并不是都需要手术治疗，临床上可根据患者的病情以及个人需求，采取个体化治疗方案。
- 对于无症状或症状较轻、囊肿直径小于4厘米、无生育要求的患者而言，可采取期待治疗，如定期复查或药物治疗。
- 对于症状较轻、囊肿直径小于4厘米、有生育要求，且能明确诊断者，可先进行药物治疗。若囊肿逐渐增大，或超过一年不孕，排除其他不孕因素，则可采取保留生育功能的手术，并尽快生育。
- 对于囊肿直径大于4厘米的，可采取保留生育功能手术治疗，且术后需给予药物治疗预防感染。此外，对于绝经后增大的巧克力囊肿，需怀疑恶变可能，必须手术治疗。
- 对于症状较为严重、无生育要求，围绝经期的患者，可通过行根治性手术来达到治疗目的。
