巧克力囊肿的治疗是需要根据患者的具体病情来治疗的，一些偏方的治疗方式是不可以相信的。治疗的话需要结合患者的生育需求以及患者的年龄等，然后根据患者的病情的轻重去做选择。如果是症状较为轻微的，或者是没有出现症状的，可以使用替代疗法。
如果是有生育的需求且症状较轻的。可以在全面的诊断以及评估之后，使用药物去治疗。药物的使用，有孕激素和米非司酮，或者是戈舍瑞林等药物。而对于那些症状较为严重的，而且也有生育要求的，可以通过手术去处理，可以做保留自己生育功能的手术。
如果没有生育需求的患者，可以直接做根治性的手术。
