巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢而形成的。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，出现增生、剥脱、出血。剥脱的子宫内膜和血液，通过宫腔和宫颈排出体外。而异位到卵巢位置的子宫内膜也会随着月经周期变化，脱落的子宫内膜和血液不能排出，使卵巢增大形成内含有陈旧性积性的囊肿，这种陈旧性的血成褐色粘稠浆糊状，就像巧克力一样，所以叫做巧克力囊肿。巧克力囊肿会破坏患者的卵巢功能，引起盆腔的粘连等，严重的还会出现不孕、习惯性的流产等，需要进行积极的治疗。
