再生障碍性贫血的治疗主要包括一般治疗和免疫抑制治疗、促造血治疗和造血干细胞移植等。
一般治疗包括避免诱发因素，慎用抑制骨髓的药物，重型病人应加强隔离，注意皮肤、口腔、外阴卫生，感染时加强抗炎治疗；血红蛋白低于70g/L，有心肺功能不全的病人可考虑输红细胞悬液；有严重出血时输血小板。
再生障碍性贫血大多数和自身免疫有关，可以进行免疫抑制治疗，还可以使用雄性激素类的药物和一些造血生长因子，如促红细胞生成素、粒系集落刺激因子等进行促造血治疗。如果是药物引起的再生障碍性贫血，应立即停药并给予对症治疗。
对40岁以下、无感染及其他并发症、有适合供体的重型再生障碍性贫血患者，可考虑造血干细胞移植。
