蛋白质进入人体会在多种酶的作用下分解成为多肽，进一步在生物酶的作用下，分解成为氨基酸。
常参与蛋白质分解代谢的酶有胃蛋白酶、胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶等，被分解成的氨基酸可直接参与转氨基作用，形成人体所需的新氨基酸，也可以再合成其他新型的蛋白质、酶和激素，完成人体生命活动。
另一部分氨基酸或发生脱氨基作用，其中含有氮的部分，转化成尿素，通过肾脏由尿液排出体外。不含氮的部分一部分合成糖类、脂肪为人体提供能量，其余部分直接氧化分解为机体供能。
